感染症
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細菌・ウイルスなどによる感染症／脳
- 日本脳炎、その他のウイルス性脳炎
- 単純ヘルペスウイルス脳炎（小児）
- 単純ヘルペスウイルス脳炎（成人）
- 急性灰白髄炎（ポリオ）とポリオ様疾患
- 流行性髄膜炎（急性脳脊髄膜炎）、その他の化膿性髄膜炎
- 結核性髄膜炎
- 真菌性髄膜炎
- ウイルス性髄膜炎（無菌性髄膜炎）
- ライ症候群
- ムンプス髄膜炎
細菌・ウイルスなどによる感染症／眼・耳・鼻・のど
- 咽頭結膜熱（プール熱）
- 流行性耳下腺炎（ムンプス）
- ヘルパンギーナ
- 麦粒腫（ものもらい）
- 細菌性（感染性）結膜炎
- トラコーマ
- 流行性角結膜炎
- 感染性角膜炎
- 急性出血性結膜炎（アポロ病）
- 真菌性眼内炎
- 急性中耳炎
- 急性扁桃炎
- 急性喉頭炎
細菌・ウイルスなどによる感染症／呼吸器
細菌・ウイルスなどによる感染症／胃・腸
- 急性胃腸炎
- ウイルス性下痢症
- ロタウイルス下痢症
- ノロウイルス感染症
- 腸炎ビブリオ感染症
- サルモネラ腸炎
- カンピロバクター腸炎
- ブドウ球菌食中毒
- 細菌性赤痢、疫痢
- 腸管出血性大腸菌感染症
- 腸チフス、パラチフス
- コレラ
細菌・ウイルスなどによる感染症／肝臓・胆嚢・膵臓
細菌・ウイルスなどによる感染症／腎臓・尿路
細菌・ウイルスなどによる感染症／性感染症
細菌・ウイルスなどによる感染症／皮膚
細菌・ウイルスなどによる感染症／骨・関節
細菌・ウイルスなどによる感染症／全身性、その他
- 中東呼吸器症候群
- ジカウイルスおよびジカウイルス感染症（ジカ熱）
- 風疹（三日ばしか）
- 麻疹（はしか）
- 突発性発疹（小児バラ疹）
- 伝染性紅斑（リンゴ病）
- 伝染性単核（球）症
- サイトメガロウイルス感染症
- 手足口病
- 水痘（みずぼうそう）
- 猩紅熱
- 狂犬病
- 破傷風
- ガス壊疽
- ペスト
- ウイルス性出血熱
- ラッサ熱
- エボラ出血熱（エボラウイルス病）
- マールブルグ出血熱
- 黄熱
- 腎症候性出血熱
- 発疹チフス
- 発疹熱
- ライム病
- 回帰熱
- つつが虫病
- エーリキア症
- Ｑ熱
- オウム病
- 肺炎クラミジア感染症
- 日本紅斑熱
- 鼠咬症
- 炭疽
- 鼻疽、類鼻疽
- 野兎病
- 猫ひっかき病
- デング熱、デング出血熱
- ブルセラ症（波状熱）
- レジオネラ症（在郷軍人病）
- 無芽胞嫌気性菌感染症
- 感染性心内膜炎
- 敗血症
細菌・ウイルスなどによる感染症／生殖器
寄生虫・原虫で起こる感染症
- 回虫症
- 鉤虫症（十二指腸虫症）
- 鞭虫症
- 蟯虫症
- 糞線虫症
- 糸状虫症（フィラリア症）
- イヌ糸状虫症
- イヌ回虫症
- 顎口虫症
- アニサキス症
- 旋毛虫症
- 条虫症
- 嚢虫症
- マンソン孤虫症
- 包虫症（エキノコックス症）
- 肺吸虫症（肺ジストマ症）
- 住血吸虫症
- 肝吸虫症（肝ジストマ症）
- 横川吸虫症
- アメーバ赤痢
- マラリア
- トキソプラズマ症
- ジアルジア症
- カラアザール
- クリプトスポリジウム症
- ニューモシスチス・カリニ肺炎
感染症法改正（２００３年）で追加された感染症
- 〈新１類〉痘瘡（天然痘）
- 〈新２類〉重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳコロナウイルスによるもの）
- 〈新４類〉ウエストナイル熱（西ナイル熱）
- Ｅ型肝炎
- Ａ型肝炎
- 鳥インフルエンザウイルス感染症
- サル痘
- ニパウイルス感染症
- 野兎病
- リッサウイルス感染症
- レプトスピラ症（ワイル病）
- ボツリヌス症
- 〈新５類〉バンコマイシン耐性黄色ブドウ球菌感染症
- ＲＳウイルス感染症